由省级专项资金主管部门（以下简称主管部门）具体负责组织实施，第四条省级财政部门主要职责：负责研究制定专项资金管理政策和制度，第五条主管部门主要职责：履行部门管理专项资金主体责任，第二章专项设立第六条专项资金设立应按以下程序办理：（一）主管部门收集本级及所属单位的专项资金设立需求，（二）省级财政部门按照相关规定和财政可承受能力对专项资金设立条件进行审核，第十九条主管部门在专项资金预算额度确定后，主管部门需进一步细化分配的省级专项资金，严格按照省政府加强部门预算执行管理的相关要求和程序审批，第二十三条主管部门应当严格执行财政结转结余资金管理规定，第五章绩效监督及调整退出第二十四条省级财政部门和主管部门应当深入推进预算和绩效管理一体化，第二十六条省级财政部门和主管部门应当对绩效目标实现程度和预算执行情况进行双监控，第二十八条省级财政部门、资金主管部门应当健全完善专项资金监督管理制度，第二十九条省级审计部门应当加强对专项资金分配、管理、使用等情况的审计监督，第三十一条省级财政部门和主管部门应当加强专项资金绩效评价及监督检查结果的应用，第三十二条省级财政部门应当会同主管部门不定期对专项资金进行绩效评估。