旗粮食行政管理部门负责旗级储备粮的具体管理，第十条旗粮食行政管理部门向承储企业下达的计划应包括承储企业及其收购、销售的品种、数量、质量、价格等情况，旗级储备粮销售计划由承储企业上报旗粮食行政管理部门审批，其储存的旗级储备粮由旗粮食行政管理部门处理，旗粮食行政管理部门应撤销其旗级储备粮承储资格，旗粮食行政管理部门每年应综合考虑旗级储备粮的品质、入库年限及粮食市场行情等情况，第三十二条旗粮食行政管理部门及财政部门接到承储企业提出的轮换申请后，第三十三条粮食行政管理部门负责根据轮换计划组织承储企业实施轮换，并将轮换执行情况及时报旗粮食行政管理部门，第三十七条由旗粮食行政管理部门会同旗财政部门负责承储企业轮换计划执行、质量状况及购销政策执行等情况的监督检查，第四十二条动用旗级储备粮由旗粮食行政管理部门提出动用申请，第四十三条旗粮食行政管理部门根据旗人民政府批准的旗级储备粮动用方案下达动用决定，旗粮食行政管理部门应取消旗承储任务，第四十九条承储企业应密切配合旗粮食行政管理部门等单位和审计机关的监督检查人员履行职责，第五十条旗粮食行政管理部门应对旗级储备粮进行日常监管和监督检查。