畜牧业高质量发展的源头在育种，新疆维吾尔自治区畜牧兽医局制定实施《新疆维吾尔新疆维吾尔自治区畜禽核心育种场管理办法（试行）》（以下简称《办法》）及配套办法，进一步提升畜禽育种工作质量水平，申报新疆维吾尔自治区畜禽核心育种场的单位应具备的基本条件包括：取得《种畜禽生产经营许可证》和《动物防疫条件合格证》，配备能满足育种工作需要的设施设备和信息化数据管理系统，新疆维吾尔自治区畜禽核心育种场应承担的职责包括：组织实施本场制定的育种或繁育规划，按照相关技术规范的要求开展系谱信息记录、品种登记、体型外貌鉴定、生产性能测定、基因组测序、种畜禽选育和良种扩繁等工作，保持单品种（配套系）核心育种群或扩繁群数量不低于遴选标准要求的规模，畜禽核心育种场要建立健全商业化育种体系，每年向社会推广一定数量的优良种畜禽，按照畜禽育种规范化要求和遗传评估工作需要，新疆维吾尔自治区畜禽核心育种场享有的权利包括：优先推荐遴选为国家畜禽核心育种场、国家畜禽良种扩繁推广基地和国家核心种公猪站，优先获得种畜禽性能测定项目、种业提升项目等国家和新疆维吾尔自治区级财政经费支持，优先获得畜禽遗传评估服务、种畜禽遗传评估报告和数据审查报告，还有生猪、奶牛、肉牛、羊、家禽、马等新疆维吾尔自治区核心育种场的试行管理办法。