海关总署制定了《中华人民共和国海关对上海东方枢纽国际商务合作区监管暂行办法》，第二条海关依照本办法对下列对象实施监督管理：（一）商务合作区与中华人民共和国关境外其他国家和地区（以下简称境外）之间进出的人员、货物、物品，（二）商务合作区与中华人民共和国关境内其他地区（以下称境内区外）之间进出的应当接受海关监管的货物、物品，第三条海关依法对进出商务合作区的人员、货物、物品实施监管，境外人员及其携带的物品通过国际侧联检区进出，第七条海关对商务合作区与境外之间进出的货物实施进出口货物贸易统计，对商务合作区与境内区外之间进出的货物，第二章商务合作区与境外之间进出的监管第八条对进区的境外人员，第十一条商务合作区与境外之间进出的货物，第三章商务合作区与境内区外之间进出的监管第十二条已入区境外人员需进境时，第十三条境内人员不得携带由境外人员带入区内的免税物品出区，第十四条商务合作区与境内区外之间进出的保税货物，商务合作区与境内区外之间进出的其他货物，商务合作区与境内区外之间进出货物的税收政策，第五章附则第十八条商务合作区与境外、境内区外之间进出的货物、物品。